好氧生物处理技术是在制药废水处理领域里最早开始研究和应用的生物处理技术，常见的制药废水好氧生物处理技术有传统活性污泥法、序批式活性污泥池(SBR)、深井曝气、生物流化床等。
传统活性污泥法是最早应用于制药废水处理的好氧生物处理技术，但大量的实践表明，在工程应用中传统活性污泥法存在这些缺点:运行负荷低、污泥产量大且易发生污泥膨胀、去除率低，出水难以达到污水排放标准，常需进行深度处理。因此，近年来活性污泥法研究和发展的方向在于通过改进曝气方法，提高氧传递速率，进而提高处理效率；通过固定微生物，增强处理效果。
   序批式活性污泥法(SBR)是一种具有运行上有序和间歇操作的活性污泥污水处理技术。通过实验表明，COD去除率基本稳定在80%以上。
   深层曝气法是为了节约用地而发展起来的一种曝气法，一般池深在10～20m，而更深(池深150～300m)的深层曝气法又被称为竖井或者深井曝气。据报道，采用深井曝气法处理抗生素类药品废水COD去除率能够达到59%以上。漓源环保曾采用深井曝气法对制药废水进行处理实验，实验结果显示，深井曝气能够在高负荷工况下有效去除污染物，COD去除率达到80%。
   生物流化床是一种改进的生物膜法，以固体填料作为微生物的载体，废水从下而上进入床内带动填料呈流化状态，提高了微生物与污染物的反应速率，并且提高了氧传递效率，从而提高了处理效果，漓源环保通过长期大量的制药废水处理研究实验，发现生物流化床的处理制药废水的效果有稳定且时间短、抗冲击负荷强等特点。

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