制药废水处理难点在于废水中含有某些抑制微生物生长的成分，废水的可生化性差，COD浓度高。因此，在生化处理前往往需要进行预处理减少有毒有害成分，提高废水的可生化性，同时COD也有一定幅度降低，废水在后续的生物处理中得到进一步有效降解。
   物化法常用作制药废水的预处理以提高废水的可生化性，以保障后续生物处理工艺的正常运行。当出水不达标时，采用物化法进行深度处理，提高出水水质。常用于制药废水处理的物化方法主要有混凝、吸附、气浮及膜分离等。
混凝法，混凝是一种经济有效的固液分离方法。投加混凝剂使胶体、微粒等发生凝聚和絮凝而聚集成较大絮凝体，达到与水分离的目的。常用的混凝剂有聚合硫酸铁、氯化铁、聚合氯化铝(PAC、聚丙烯酰胺(PAM)等。采用混凝沉淀工艺预处理中高含量制药废水，投加PAC,PAM作为絮凝剂，SS去除率可达到45%以上，COD的去除率可达到40%以上。
   吸附法，吸附剂具有多孔结构、比表面积大的特点，可吸附污染物达到净水的目的。
   气浮法向废水中通入微小气泡，气泡在上升过程中可以产生较强的粘附力，粘附废水中悬浮污染物颗粒上浮至水面，实现固液分离。
   膜分离法膜分离法常用于处理污染物浓度高、含盐量高、生物可降解性差的废水，分离过程无相变，还可回收可利用物质，近年来逐渐被应用于废水处理。

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